Berdasarkan Peraturan Bupati Nomor 75 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Sekretariat Daerah Kabupaten Magetan, Sekretariat Daerah merupakan unsur staf Pemerintah Daerah yang dipimpin oleh Sekretaris Daerah yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati. Susunan organisasi Sekretariat Daerah terdiri atas: pertama, Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat yang terdiri atas Bagian Tata Pemerintahan, Bagian Kesejahteraan Rakyat, dan Bagian Hukum. Kedua, Asisten Perekonomian dan Pembangunan yang terdiri atas Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam, Bagian Administrasi Pembangunan, dan Bagian Pengadaan Barang dan Jasa. Ketiga, Asisten Administrasi Umum yang terdiri atas Bagian Umum, Bagian Organisasi, dan Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan.