Organisasi Perangkat Daerah Pemerintah Kabupaten Magetan diatur dalam

Peraturan Daerah Kabupaten Magetan Nomor 15 Tahun 2016
Tentang
Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Magetan

dan
 
 Peraturan Bupati Magetan Nomor 87 Tahun 2020
Tentang
Pencabutan Peraturan Bupati Mengenai Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Perangkat Daerah Kabupaten Magetan